Самая, пожалуй, большая проблема, которая может возникнуть с такими символами, это отсутствие их при поиске по документу формата PDF. Не критично, но не удобно. Для поиска Acrobat или PDF Reader, основной символ и его альтернативный вариант, расположенный на знакоместе, будут разными символами.
Достаточно давно, компания Adobe выпустила рекомендацию по работе с альтернативными символами, где рекомендовала использовать суффиксы в соответствии с принадлежностью их к той или иной OpenType функции.
Например, для имеющегося основного символа "glyph", в альтернативной версии для данного символа имя будет "glyph.salt", от OpenType функции 'salt' (Stylistic Alternates).
Такое присвоения суффикса с именем функции, будет удобно и при работе с написанием кода функции и формированием классов. А теперь создав функцию 'aalt' (Access all Alternates), мы получим предложение альтернативных форм знаков в панели "Glyphs" в Illustrator или InDesign.
Удачного шрифтостроения!